隨著CRISPR等基因編輯技術(shù)的普及和設(shè)計(jì)的規(guī)范化,繁瑣、耗時(shí)且易出錯(cuò)的傳統(tǒng)手工基因編輯已不適應(yīng)合成生物學(xué)對(duì)于高通量研究的需求。為了幫助科研工作者從繁雜的DNA雙鏈中解放雙手,我們開(kāi)發(fā)了Crispr生物設(shè)計(jì)器 —— 基于CRISPR/Cas9和CRISPR/Cpf1基因編輯原理的在線工具。通過(guò)計(jì)算機(jī)輔助設(shè)計(jì)軟件(BioCAD),實(shí)現(xiàn)對(duì)大腸桿菌、釀酒酵母等模式生物和其他非模式生物的基因進(jìn)行批量、可視化、實(shí)時(shí)交互的編輯設(shè)計(jì),并最終輸出引物、導(dǎo)向性RNA(guide RNA,gRNA)等結(jié)果以指導(dǎo)下游實(shí)驗(yàn)。
Crispr生物設(shè)計(jì)器在sgRNA設(shè)計(jì)部分整合了CHOPCHOP的部分功能。這些功能可以提高sgRNA的定位能力、可用性和效率。為了增加靶向方位和特異性,CHOPCHOP為定制長(zhǎng)度的gRNA提供了支持,并且使用了來(lái)自多個(gè)大規(guī)模研究的模型來(lái)評(píng)估整個(gè)sgRNA及其周圍區(qū)域的序列組成。
1、通過(guò)Crispr生物設(shè)計(jì)器選擇物種基因組文件,進(jìn)行相應(yīng)位置的插入/替換片段操作便可得出相應(yīng)引物設(shè)計(jì)結(jié)果,輔助后續(xù)下游濕實(shí)驗(yàn)。
2、幫助科研工作者從繁雜的DNA雙鏈中解放雙手
3、批量進(jìn)行位點(diǎn)設(shè)計(jì)
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